Nucleusでは1つのアイテムに対してカテゴリは1つしか指定できません。
また、カテゴリ階層も1階層しか作成できません。

そこでサイケデリックビビアンNP_MultipleCategoriesをインストールします。
参考)
NP_MultipleCategories[Custom Edition] 使用方法

インストール

(1)FTPでアップロード

ダウンロード解凍したファイルを/nucleus/pluginsディレクトリにアップロードます。

(2)インストール

管理ホーム > プラグイン管理 からインストールします。

以上でインストールは終了です。

サブカテゴリの作成

管理ホーム > プラグイン管理からMultiple Categories [Custom Edition]の「管理」をクリックするとカテゴリの編集画面が開きます。
カテゴリの第1階層だけのリストが表示されますので、サブカテゴリを作りたいカテゴリの「Edit sub categories」をクリックします。
Create New Sub CategoryNameにサブカテゴリ名を入力し「Create Sub Category」をクリックします。
これでサブカテゴリを作成できます。

カテゴリの指定

カテゴリは管理画面 > アイテムの追加 もしくは アイテムの編集/削除の画面で、追加プラグインオプションMultiple Categoriesのオプション設定フォームが追加されますので、カテゴリを指定してください。

スキン・テンプレートの変更

スキン

メインの目次ページ

<%blog(default/index,10)%>
<%MultipleCategories(default/index,10)%>
個別アイテムページ
<%item(default/item)%>
<%MultipleCategories(default/item)%>

テンプレート

default/index, default/item

Category: <a href="<%categorylink%>" title="Category: <%category%>"><%category%></a>
Category: <%MultipleCategories%>

記事タイトルの下のカテゴリのリンクがマルチカテゴリ対応のリンクになります。

Magical URL対応

ルートディレクトリの.htaccessに追記します。